答：

（1)文书制作的法律依据不同。

监狱起诉意见书制作的法律根据是我国《刑事诉讼法》第二百二十一条第一款，而公安机关起诉意见书制作的法律根据是我国《刑事诉讼法》第一百二十九条。

（2）文书适用的范围不同。

监狱起诉意见书，只适用罪犯在服刑期间又重新犯罪或者发现了判决时所没有发现的罪行，依法应当追究刑事责任的案件；而公安机关起诉意见书，适用范围具有广泛性，社会上发生的应当追究刑事责任的各类刑事案件一般均适用。

（3）要求起诉的对象不同。

监狱要求起诉的对象是正在服刑的罪犯，在文书中称为“霏犯”；公安机关要求起诉的对象一般属于社会上的自由人，在文书中称为“犯罪嫌疑人”。两种文书要求起诉的对象所处的法律地位不同。

（4）制作主体不同，署名不同。

一为隶属于司法行政机关的监狱，一为公安机关。监狱起诉意见书，最后只加盖公章，不加盖负责人的印章，而公安机关起诉意见书，则由公安局长盖章，并在其下加盖公章。