甲的行为构成公司、企业人员受贿罪。理由有二：首先，甲系集体性质企业的副厂长，属于公司、企业人员的范围。其次，甲利用自己掌管的进原材料的决定权，多次从进原材料的单位收受回扣计40余万元，用于个人建房，属于在经济往来中，违反国家规定，收受回扣，归个人所有。完全符合公司、企业人员受贿罪的主客观要件。

注：分析本案主要应注意，按照刑法的规定，公司、企业人员受贿罪与受贿罪是两个独立的罪名，不要混为一谈。区别两罪的关键是犯罪主体不同：前者的主体是公司、企业中不属于国家工作人员的人员；后者的主体则是国家工作人员。公司、企业中属于国家工作人员的人员实施相同行为的，也应定受贿罪。