（1）复议机关是F区国税局的上一级主管部门即G市国税局。（2分）《行政复议法》规定，对县级以上地方人民政府工作部门的具体行政行为不服的，可以向该部门的本级人民政府或上一级主管部门申请复议。（1分）但对海关、金融、国税、外汇等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门中请复议。（2分）

    （2）不合法。（1分）因为F区国税局对A公司的两次罚款处罚违反了《行政处罚法》的“一事不再罚”原则。（2分）《行政处罚法》规定，对相对人的某一违法行为，不得给予两次以上罚款处罚。（2分）