农业内部产业结构的优化主要是解决好三个层次的关系：(1)广义农业中农、林、牧、副、渔等业之间的关系。要根据生产条件的不同，全面发展农村中的各产业，为市场提供更多、更好的各种产品，既满足社会的需要，又提高经济效益。(2)种植业内部的粮食生产与经济作物生产之间的关系。从总体发展来看，随着人们生活水平的提高，对粮食的需求会呈现下降趋势，对其他农产品的需求会呈现上升趋势，因此，也必须对生产的结构进行调整，才能使生产结构与需求的变化相适应。(3)农业与加工业、服务业之间的关系。农业的发展并不是孤立的，也需要其他产业的支撑才能使农业的发展具有高效率。因此，农业的发展必须和加工业、流通业、商贸业、服务业实现同步发展，为农业的发展提供更好的条件，这也是推动农业内部产业结构优化升级的必然趋势。